یکی از مواردی که جزو چالش های تفسیر تنزیلی شمرده شده است، اختلاف روایات مطرح شده در رابطه با جایگاه سوره ها در نزول است. چرا که ـ علی رغم اندک بودن مواردـ گاهی سوره ای در روایات متعدد جایگاه های متعدد برایش مطرح شده است و این مورد از چالش های این روایات به شمار می آید.
یکی از ویژگی های تفسیر همگام با وحی استاد بهجت پور، بررسی این موارد و داوری در مورد آنهاست.
نمونه این اختلاف را در سوره لیل می بینیم. این سوره به اعتقاد اکثر دانشمندان تفسیر و علوم قرآنی مکی است، هرچند برخی آن را مدنی شمرده‌اند که وجهی ندارد و در بحث سبب نزول سوره ، استاد بهجت پور به خوبی ازمکی بودن آن دفاع نموده اند.
چالش بعدی در این سوره آن است که گرچه در تمامی جداول مسند، ترکیبی و بیسند، این سوره در ردیف نهم و پس از سوره اعلی (مکی 8) و پیش از سوره فجر (مکی 10) در جایگاه نهم قرار گرفته است. اما در روایت ابن ندیم ـ از روایات مسند ـ این سوره پس از سوره‌های انشراح، عصر، فجر و ضحی قرارگرفته است. یعنی به عبارتی سوره های انشراح و عصر پس از سوره اعلی نازل شده اند و پس از آن سوره فجر و ضحی و پس از آنها سوره لیل نازل گشته است.
در کتاب تفسیر تنزیلی مبانی، اصول ، قواعد و فوائد و در مقدمه تفسیر همگام باوحی بحث مهمی را استاد مطرح کرده اند که به رغم وجود روایات صحیح و قابل قبول نزد فریقین، برای تشخیص روایت صحیح در ترتیب نزول، راه درست و محتاطانه آن است که
